書かないと忘れるので書きます。むしろ、書いたから忘れているという見方もできます。
Android Studioと組み合わせてはいけないバージョンのJDKを使用して不具合が起き、勘違いで消しちゃいけないファイルを消して戻せなくなったので初期化したという話です。
ADK関連のファイルを間違って消した
使い慣れないAndroid StudioでVCS(バージョン管理)の設定をしていました。
VCSを有効にした後、何故か知らないけどホームディレクトリ以下全てのファイルとディレクトリが「対象でないもの」として扱われてしまっていました。
本来はプロジェクトの中のファイル・ディレクトリのみ見るらしいです。
なので本来、「対象でないもの」としても表示されないはずの、そもそも見ないはずのファイルが大量にチェックされ、時間が掛かってしまっていました。
（Mac版だけなのかもしれないけど「JDK1.8を使っているとAndroid Studioが不安定になる、JDK1.6以前を使用せよ」とダウンロードページで告知がありますが、私はJDK1.8にアップデートしてあることを忘れてAndroid Studioを使用してしまっていました。
多分これが原因かなと思ってます。）
明らかにおかしい状況なので、除外しようとしてそれっぽいマイナスのボタンを押すと、「デリートするの？」のダイアログ。「(VCSの対象から)削除するの？」のことなんだろうなと解釈してOKを押す…
すると、色んなファイルやディレクトリが消えて行きました。
どうやら「(ストレージから)削除するの？」という意味だったようです。
ADKの入れ直しを試みるも面倒でやめた
復元は試みたものの、ADKのライブラリーだかなんだかが一部解凍できないとかなんとか色々エラー出てイライラしたので、普通に入れ直しても直りませんでした。
たぶん中途半端に他の場所に前のデータが残っているせいだと思います。
いちいち解決するのは面倒です。
というわけで削除します。
GoogleDriveにデータはほぼ全部保存しているので、いつでも気兼ねなくPCを失くしたり壊したり初期化できます。クラウド万歳！
解決策？
なお、JDK1.8でなくJDK1.6を入れてAndroid Studioを起動し、VCSを有効にしたら、ちゃんと期待通りプロジェクトのファイル・ディレクトリしか表示されませんでした。
やっぱり注意書きは守るべきでした。
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